中研院院長遴選爭議引出學界的諸多問題,拋開院長人事問題不談,院士紛紛噤聲不語才是真正讓人憂慮之處。許多人並不認同這次遴選程序,因此參加了相關連署,但擔憂引起困擾而要求不要公開名字,尤其長期在國外的院士參與更為積極,身在台灣的院士卻有太多政治牽絆,因而不敢公開發言。
 從這個角度看,言論自由在中研院也遭遇了政治潛規則,學術地位崇隆卻也不敢逾越。
 人們在看中研院史的時候,常常感慨即便在威權時代,政治強人也對中研院長和眾位院士敬重有加,即便對他們的作為和言論不滿也只能拂袖而去。但如今自由民主時代,院士們反而沒有了自由表達的空間,只能謹守自己的專業領域,小心爭取研究資源,不願得罪當道,因而鮮少對院內公共事務發表評論。
 更有甚者,不論是中研院還是大學,都出現學閥現象,造成研究體系的近親繁殖,出身同一脈絡者才能獲得教職並得到相應的資源分配,外人則毫無染指機會。
 這就讓整個學界如同政治圈一樣,充滿黨同伐異,如果中研院內也有政黨政治的話,那麼中研院恐怕已經十幾年都沒政黨輪替過了,這無疑是對民主政治的極大嘲諷。
 不僅如此,當下的輿論氛圍崇尚打倒一切權威,也失去了對院士的起碼尊重,黨同伐異的思維也同樣針對院士們,沒有任何人有避開的空間,一旦有人敢站出來表達反對意見,馬上就有人對這個人進行人身攻擊。知識分子原本應該是社會的良心,但當院士都被政治綁架的時候,社會真該到了反省的時候。